浅野です。
時制が大事だと再認識しました。
I thought we would see each other a lot in the fall because we go to college in the same city, but I guess we’ve both been too busy studying.
わかりやすいbut以下から考えると、「私たちは勉強するのに忙しかった」（現在完了形）と「推測する」（現在形）という時制になっています。前半は、「秋にはお互いたくさん会うだろう」（willが時制の一致でwould）と「思っていた」（過去形）という時制です。because節が「同じ市の大学に行くから」（現在形）となっているのは、今も大学に行っているからだと解釈できます。
ここで紹介しなかった前後の記述も合わせて、筆者はまず大学一年生だろうという印象を受けました。そう考えると、秋にたくさん会うというのが、高校を卒業して夏休みを経て秋からの大学の新年度が始まるからだと理解できます。